РПЦ, основана определением Свящ. Синода Московского Патриархата от 19 апр. 2000 г., включила в себя приходы Венгерского благочиния (1949-2000) Венской и Австрийской епархии. Территория Б. и В. е. совпадает с территорией Венгрии. На 1 янв. 2003 г. в епархии существовало 9 приходов (храмы: Успенский кафедральный собор в Будапеште (освящен в 1801), прп. Сергия Радонежского в Будапеште, приписной к нему мемориальный храм в Иреме, Свято-Троицкий в Мишкольце, вмч. Георгия в Ньиредьхазе (домовый), свт. Николая в Сентеше, вмч. Георгия в Сегеде (домовый), свт. Николая в Дьёндьёше, вмч. Георгия в Карцаге, Св. Троицы в Кечкемете), служат 8 священников, 2 диакона.
Первый правящий архиерей еп. (с 23 февр. 2001 архиеп.) Павел (Пономарёв) одновременно управлял также Венской и Австрийской епархией и носил титул «архиепископ Венский и Будапештский». В 2000 г. Венгерская епархия приняла участие в торжествах, проходивших по случаю 1000-летия Венгерского гос-ва. 7 мая 2003 г. архиеп. Павел был переведен на Рязанскую кафедру, временно управляющим Б. и В. е. назначен Венский и Австрийский еп. Иларион (Алфеев). 31 марта 2009 г. временно управляющим Б. и В. е. назначен еп. (с 1 фев. архиеп.) Егорьевский Марк (Головков). Постановлением Свящ. Синода от 22 окт. 2015 г. временно управляющим Венско-Австрийской и Венгерской епархиями назначен еп. Тихон (Зайцев). С 28 дек. 2017 г. по 30 мая 2019 г. епархией управлял архиеп. Антоний (Севрюк), с 30 мая по 30 авг. 2019 - митр. Иоанн (Рощин), с 30 авг. 2019 г. по 7 июня 2022 г. митр. Марк (Головков). 7 июня 2022 г. на кафедру назначен митр. Иларион (Алфеев).
При Свято-Троицком храме в Мишкольце действует церковно-исторический музей.